Zespół negatywów obejmuje około 1200 szt. klisz szklanych różnych formatów (9 × 12 – 18 × 24 cm). Ich stan zachowania jest raczej dobry, poza nielicznymi przypadkami klisz pękniętych w jednym lub więcej miejscach lub stłuczonymi narożnikami, kilka jest potłuczonych. W części przypadków dają się zaobserwować objawy tzw. wysrebrzenia lub obecność brunatnych wykwitów. Wszystkie klisze przechowywane były w kopertach nie spełniających warunków konserwatorskich, z kwaśnego papieru, łączonych klejem i z napisami wykonanymi atramentem. Zdjęcia Tadeusza Przypkowskiego to w przeważającej większości negatywy małoobrazkowe pocięte na pojedyncze klatki ułożone przez autora w albumach z oryginalnymi atramentowymi podpisami. W ogromnej większości (prawdopodobnie wszystkie zdjęcia z lat 1930-1946) są to negatywy na podłożu nitrocelulozowym (palny celuloid), ulegającym z czasem nieuchronnemu i nieodwracalnemu procesowi samodegradacji. W części jędrzejowskich negatywów widoczne są początki tego procesu – przede wszystkim jako zmiany w obrębie emulsji: przemieszczenia jej fragmentów na podłożu, lub wykwity i przebarwienia. Są też nieliczne przypadki klatek, które przechowywane po kilka w jednej przegródce posklejały się ze sobą, lub z kartami albumu. Wobec braku możliwości fizycznej konserwacji oryginałów bądź zatrzymania procesu degradacji emulsji i podłoża jedynym sposobem na zachowanie wizerunków historycznych ujęć była ich pełna digitalizacja, rozumiana jako wykonanie cyfrowych reprodukcji w rozdzielczości w pełni oddającej właściwości oryginałów. Ich zachowanie było podstawą projektu. W jego ramach nie prowadzono daleko idącej, inwazyjnej konserwacji materiałów światłoczułych, a jedynie ograniczone do minimum powierzchniowe zabiegi oczyszczające z kurzu, bez ingerencji w warstwę emulsji – przed skanowaniem. Podejmowane działania dotyczyły jedynie trwałego zabezpieczenia podłoża negatywu lub odseparowania ze zbioru najbardziej zdegradowanych egzemplarzy. Wszystkie negatywy zostały przełożone do nowych bezpiecznych kopert archiwizacyjnych z papieru bezkwasowego i pudeł archiwizacyjnych z bezkwasowej tektury. Szczególnie zabezpieczeniu podlegają potłuczone lub pęknięte negatywy szklane – klisze takie są wkładane między dwie płytki szklane i zaklejane specjalną, bezpieczną taśmą. Trwałe zabezpieczenie podłoża negatywu zakłada stałą możliwość cofnięcia tej czynności (w razie potrzeby, np. gdyby zaistniała konieczność powtórzenia skanu lub gdyby w przyszłości negatywy miały zostać poddane konserwacji innymi metodami), bez uszczerbku dla negatywu. Negatywy odseparowane ze zbioru głównego umieszczone zostały w wydzielonym miejscu z wyraźnym oznaczeniem stanu ich zachowania. Na ich miejsce w zbiorze głównym umieszczone zostały karty informacyjne o przyczynie odseparowania negatywu, jego numerze inwentarzowym, oraz numerze i statusie ich skanu.
Zespół negatywów Feliksa i Tadeusza Przypkowskich został pozyskany do zbiorów Muzeum w latach 60. XX w. Od tego czasu był on sukcesywnie, lecz dość chaotycznie inwentaryzowany – w tamtych czasach włączano do zbiorów w pierwszym rzędzie te zdjęcia, które uznawano z różnych przyczyn za interesujące i nadające się do bezpośredniego wykorzystania w wystawach czy celach wydawniczych. Od czasu do czasu zdjęcia były udostępniane badaczom. Do momentu rozpoczęcia projektu 3166 klatek nie zostało zinwentaryzowane. Pod względem merytorycznego opracowania zawartości zdjęć istnieją lakoniczne opisy w księdze inwentarzowej (dotyczy to oczywiście tylko części zinwentaryzowanej) oraz hasłowe opisy na oryginalnych kopertach i w albumach. Część zdjęć była od przypadku do przypadku opisywana bardziej szczegółowo przy okazji ich wykorzystywania w wystawach. W ramach projektu przeprowadzono też działania dokumentacyjne polegające na wykonaniu cyfrowej reprodukcji wszystkich kart ośmiu oryginalnych albumów na negatywy małoobrazkowe Tadeusza Przypkowskiego. Albumy te mają na każdej karcie po 20 papierowych kieszonek. Każda z nich została przez autora opisana, w każdej znajduje się jedna lub kilka pojedynczych klatek negatywu małoobrazkowego, przy czym negatywy wpisane do inwentarza sąsiadowały z negatywami pozainwentarzowymi. W ramach projektu przeniesiono wszystkie negatywy do nowych kopert z papieru bezkwasowego, jednak dla opracowania zdjęć w ramach projektu, jak i w przyszłości zachowano te albumy, ze względu na znajdujące się na ich kartach oryginalne autorskie podpisy, a zwłaszcza zachowanie informacji o tym, w których przegródkach były pierwotnie przechowywane które negatywy. Cyfrowe reprodukcje kart albumu były potrzebne sporządzającym wpisy bazodanowe. Ponadto dokumentacja taka była konieczna w związku z tym, że część negatywów w albumach posklejała się ze sobą i z kartami albumu, niezbędne było więc uwiecznienie obecnego stanu rzeczy przed dalszymi interwencjami. Cyfrowe pliki skanów są w oryginale (format RAW, zgodnie z zaleceniami NIMOZ) zarchiwizowane na dwóch macierzach dyskowych stanowiących dla nich kopię zapasową. Dodatkowo są zabezpieczone zasilaniem awaryjnym UPS chroniącym przed przepięciami i zwarciami sieci elektrycznej. W ten sam sposób są też zabezpieczone kopie tych plików poddane wstępnej obróbce cyfrowej (TIFF), wielkości wyjściowej. Z nich dopiero zostały sporządzone kopie robocze (JPG), które również są zabezpieczone jak wyżej.